Наиболее авторитетным представляется мнение, согласно которому название Сокотра восходит к древне-индийскому (санскритскому) dvipa sukhadhara (остров блаженства).
Восточные историки могут произносить название острова как Soqutri, Sou'qatra или Soqotra. Античные греки звали остров Dioscorida, римляне называли его Dyo-Socor-Yahlas или Dyo-Sotori. На одном из древних греческих диалектов Сокотру называли Fia-Soqa'tra или Soqater.
Также существует гипотеза, что слово Сокотра произошло от двух арабских слов - Al-Souq (рынок) и Qatra (капля), так как в древние времена остров был знаменит смолами растущих на нем деревьев - ладана, смирны и драконового дерева.